驰骋南海之滨的“土海军”
港九大队既是陆地猛虎，又是海上蛟龙。这支队伍与兄弟部队护航大队一起，被誉为中国的“土海军”。日军侵占香港后，开辟了从广州经香港、汕头至台湾的海上运输线，把从华南掠夺的战略物资运往日本，再由日本运输武器到东南亚和中国战场。为了破坏日军的运输线，港九大队海上队扩编为海上中队，苦学苦练海上杀敌技能，从“旱老虎”变成了“深水龙”，游弋在大鹏湾内及九龙西贡沿海至担杆岛附近，出奇制胜、以弱克强，开创了独具特色的海上游击战，创造出一套小船打大船、木船歼灭机动船的宝贵经验。
1943年11月下旬，海上中队两艘武装船在西贡以东果洲的外海巡逻，发现从汕头方向驶来1艘日海军机帆船，拖带着1艘武装木帆船，逆风向香港方向航行。海上中队立即投入战斗，1号船顺风斜插敌船，2号船绕向敌船左侧截其后路，并集中火力猛烈射击敌船。日机帆船突然遇袭手忙脚乱，一边还击，一边赶紧切断拖带的武装木帆船的缆绳，仓惶向香港逃窜。海上中队顺利缴获武装木帆船上的全部物资，船上的数十吨白纸刚好解决了我广东人民抗日游击总队机关报《前进报》的急需。
海上中队如同蛟龙翻江，不仅扰乱了日军的海上交通线，还直捣日军巢穴，有力地配合了地面部队作战。1944年8月16日，海上中队派出两艘武装船，夜袭停泊着3艘船的日军大鹏湾内黄竹角据点。我1号船直插右侧敌船，双方轻重机枪同时开火；2号船趁机从左侧隐蔽接敌，离敌船30米时突然向敌投掷2枚鱼炮（甘油炸药制成的炸药包），引起敌船大火。此时，1号船借势逼近右侧敌船，投掷鱼炮，敌船一声巨响后火光冲天。中间敌船见势不妙立即升帆企图逃窜，1号船船头战士迅速用长篙钩住敌船帆绳，随后纷纷跃上敌船，于拂晓前顺利结束战斗，击沉日船3艘，毙伤敌38人。
在3年多的海上游击战中，港九大队海上中队与护航大队一起，共击沉敌船7艘，俘获43艘，击毙日军52人、俘36人，日军溺亡40余人，击毙伪军近百人、俘50余人，缴获轻机枪5挺、步枪50支、山炮1门及大批物资，为破坏日军海上运输、保护我方交通队和商旅安全、抢救物资等作出了重要贡献。正如东江纵队司令员曾生、政委尹林平所指出的，中国的“土海军”驰骋于南海之滨，“使大亚湾和大鹏湾成为我军的内海，应予高度赞扬”。
重要的中转站与安置点
香港沦陷前，港九地区已是广东人民抗日游击队物资、药品、武器、弹药的重要补给地。香港沦陷后，港九大队将收集的英军遗留物资和武器弹药，连同每次战斗后缴获的大部分战利品，都源源不断运回内地，送给广东人民抗日游击队。同时他们还利用香港物资集散地的优势，帮助党组织和游击队搜集、运送物资。广东人民抗日游击队指战员们的衣服、日用品及各类药品等，不少也都来源于港九地区。日本投降后，港九大队积极转移武器弹药，就地掩埋或设法运回内地，还将收缴的日军汽车转给当地汽车行，为以后部队活动积蓄了经费。
由于港九地区国民党统治力量薄弱，因而也成为敌情紧张时部队休整或转移伤病员的重要安置点。1943年1月，广东人民抗日游击队总队惠阳大队在梧桐山战斗中有10余人负伤，便被运至港九沙头角三亚村附近茅寮治疗。在物资短缺的情况下，港九大队医务人员宁肯自己挨饿，也将仅有的菜粥让给伤病员。1944年，护航大队大队长刘培在战斗中身负重伤，必须进行手术治疗，也是由港九大队在当地群众帮助下转送至香港医院，手术后又在西贡医疗点休养了一段时间才返回部队。
此外，随着港九大队游击战争的发展，广东人民抗日游击总队（1942年由广东人民抗日游击队扩编而成）的机关报《前进报》社曾一度进驻沙头角和大埔地区。大量的报纸通过交通站发向驻港日军、伪政府和广大民众，成为游击队攻心制胜、鼓舞士气的利器。